配置一个年产5000吨有机肥的生产线通常包括以下主要步骤和设备：

1、原料处理和预处理阶段：

接收和储存生产原料，如畜禽粪便、农作物秸秆、食品废弃物等。

粉碎机或粉碎设备，用于将原料进行粉碎或切碎，以便后续处理。

2、发酵阶段：

发酵堆肥设备，如翻堆机、发酵罐等，用于将原料进行堆肥发酵。

发酵过程控制设备，如温度探测器、湿度控制器等，确保发酵过程的稳定性和高效性。

3、造粒阶段：

成品造粒阶段，将成熟的堆肥使用造粒机制成所需的颗粒大小。

4、包装和储存阶段：

有机肥包装机，将成品有机肥装袋或包装成所需的形式。

成品储存设施，如仓储设备或库房，用于存放成品有机肥，确保产品的质量和保质期。

5、环保设施：

气味处理设备或系统，用于处理发酵和成品阶段可能产生的异味和废气。

废水处理设施，处理生产过程中产生的废水，确保符合环保要求。

在配置这些设备和设施时，还需考虑到生产线的自动化程度、能源消耗效率、劳动力成本等因素，以确保生产线的稳定运行和成本效益。